個人情報保護法は、主に事業者の個人情報の取扱を規制するものです。 他方、「行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律」（通称「マイナンバー法」）については、 住民登録されている住民と法人を対象に、それぞれ個人番号・法人番号を付すことによって、国や行政機関が保有する情報を関連付けて、 効率的で利便性の高い行政サービスを提供する土台を築くことを目的とする、というのが政府の説明です。
 マイナンバーも個人情報に該当するため、基本的には個人情報保護法の規定が適用されます。 ただし、マイナンバーは重要な個人情報ですので、マイナンバー法で別途規制が加重されています。両者の相違点は次のとおりです。
 個人情報保護法は、「事業に用いる個人情報データベースを構成する個人情報の件数が、 過去６か月にわたり５０００件以下のみ保有する企業等」を適用対象外としています。 一方、マイナンバー法は、マイナンバーをふくむ情報を１件でも保有する事業者が適用対象なので、 この点に大きな相違があります。ところが、平成２７年の個人情報保護法の改正により、 上記５０００件の除外規定が廃止されましたので、改正法施行後は両者に対象の違いはなくなります。 改正法の施行は、平成２９年８月までと規定されていますが、個人情報保護委員会のホームページによれば、 平成２９年春頃の施行を予定しているようです。
 個人情報保護法にいう個人情報は、生存する個人であって死者はふくまないとされています。 これに対して、マイナンバー法は、死者の個人番号も対象にふくまれます。もっとも、マイナンバー法は、 個人情報保護法の特別法という位置づけから、死者の個人番号は、個人情報の対象から外れるため特定個人情報には該当しません。
 その他、マイナンバー法ではマイナンバーの取扱いについて厳格な規制が行われています。